清朝在镇压了回民起义之后，统治集团在如何对待阿古柏控制下的新疆问题展开了争论。李鸿章为建立北洋海军、扩大灌系势力，主张“联俄拒日”放弃新疆；左宗棠为维护湘军地盘，主张出兵收复新疆。在国内舆论支持下，清朝为了维护“天朝尊严”，采取左宗棠主张，决定出兵收复新疆。
1875年5月3日（清光绪元年三月二十八日）清政府命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。
次年4月，左宗棠督军进疆作战，采取“先北后南”、“缓进速战”的战略，相继收复天山北路、南路，近使阿古柏势力穷蹙而自杀，并乘胜收复伊犁。左宗棠收复新疆的胜利，沉重地打击了俄英的侵略势力。
新疆平定后，左宗棠建议设置行省，建立府县，修建城堡，疏浚河渠，清丈田亩，厘正赋税，开设义塾，促进了新疆经济文化的发展。