1907年6月17日，孙中山在港为发动国内革命，派日人萱野长知回日本购买村田式快枪2000支，每支带弹600发。
村田式快枪是落后武器，事为平山周、和田三郎、北一辉等日本友人得知，即转告章炳麟和宋教仁。章炳麟大愤，说：“孙某所购军火是村田式，这种式子在日本老早不用了，用到中国去不是使同志白白丢了性命吗？可见得孙某实在不是道理，我们要破坏他！”
于是章炳麟径用明码电报打到香港中国日报社，说械劣难用，请停止另购。孙中山认为他泄露了军事机密，非常恼火，便由胡汉民写信至本部谴责章炳麟，声言要执行纪律。继而又派林文返回东京，禁止章炳麟、宋教仁再干预军事问题。
孙中山并致函宫崎寅藏，表示自此不再信任平山周、北一辉、和田等，日本方面的工作要宫崎一人“力任其难”，同盟会本部、民报社中人，均不必与之商议。
刘揆一因而函告黄兴，又写信给冯自由、胡汉民，引用万方有罪、罪在一人的警语，要冯、胡劝孙中山向东京同盟会本部引咎谢罪。孙中山复函：“党内纠纷，惟事实足以解决，无引咎之理由可言。”并表示，辞去总理一职可以，但必须在同盟会本部及章炳麟承认错之时。
黄兴写复函则谓：“革命力党员生死问题，而非个人名位问题。孙总理德高望重，诸君如求革命得有成功，乞勿误会而倾心拥护，且免陷兴于不义。”黄兴的态度平息了同盟会的内讧。但孙中山从此不愿再过问同盟会本部工作，同盟会组织遂日益涣散。