许多人都担心使用公共厕所的马桶会染上疾病，其实不用担心公厕马桶的卫生问题，需要担忧的是小便不干净或是匆匆完事。
事实上，光是经过公厕就有感染各种性病的风险，但机率极低、远低于闪电击中的机率。但若要感染，性器官必须直接碰触到马桶坐垫、或是腿或屁股上有开放性伤口或疮。此外，去公厕感冒的机率也很低，因为细菌无法在冰冷坚硬的表面长期存活。虽然的确有可能在公厕感染大肠杆菌或是沙门杆菌，但是先决条件是要接触到相当数量的病毒或细菌，而且没有上厕所后洗手。所以只要记得上完厕所洗手，人体本身的免疫系统应该就可以抵御公厕的潜在疾病。
较易发生尿道感染的情况是，蹲在马桶上或是屁股悬空的上厕所方法，或是匆匆的解决上厕所这件事。因为若没有排尿干净、或是使用马桶的方法不正确，反而有可能让身体暴露在有害的细菌中。
专家建议，要避免从公厕感染疾病应该做到：1.上完厕所洗手。2.使用携带型杀菌洗手液增加保护。3.上厕所时用卫生纸覆盖座便、或用杀菌液清洁便座。值得注意的是，厕所地板的细菌数量比座便上多，因此不建议将物品放在地上。
目前没有任何医学证据显示用公厕会传染任何疾病，只要保持良好卫生习惯，人体的免疫系统就可以自行防护，因此只要放轻松、好好上完厕所即可。