1905年11月，上海南洋公学发生了轰动全国的“墨水瓶风潮”。南洋公学是盛宣怀于1897年创办的一所专门训练洋务人材的学校，因经费充足、校舍宽敞、设备齐全、师资较好、出路优越而颇著声名。该校有6个普通班和一个培养高村生的特班。其中，五班文课、学课教习郭镇瀛学识浅陋、顽固守旧，专以欺压学生为能事，为箝制学生思想，平时只准学生读《大清会典》、《圣武记》，严禁阅读新书新报，更不得集会和议论时政。五班学生对之深恶痛绝。
11月5日，学生故意将一只墨水瓶放在他的座椅上。郭镇瀛认定是有意侮辱他，勃然大怒，严同诘问，并串通学生总办进行诬陷迫害。11月11日，校方应郭之请，开除学生伍正钧，全班人哗，力争无效。14日，全班决定退学，举行告别演说会。
五班的行动引起全校同情，次日，全校学生集会，派代表向总办汪凤瀛请求收回成命，汪不允，学生们决定全校退学。这时校方才慌了手脚，急忙请学生们尊敬的教习蔡元培等出来调解。
16日一早，全校学生200余人，检点行装，列队操场，等候交涉的最后消息。可是，蔡元培去见督办盛宣怀转达学生要求时，盛尚高卧未起。10点，学生们见没有回音，便高呼：“祖国万岁！祖国万岁！祖国万岁！”整队离校。
学生退学后，因校方引诱，家长威逼，返回、散走了一些，但退学者仍有145人。大部分退学的学生无处可依，他们想自办“共和学校”也无经费，便请求中国教育会帮助。11月19日，教育会与退学生集议张园，决定成立爱国学社，当时，教育会也没有钱，蔡元培赶赴南京向人借款。到码头时，家人奔至泣告，说其长子病死，蔡元培挥泪嘱他人代办丧事，然后义无反顾，毅然登轮。11月下旬，爱国学社就在南京路福源里正式开学。蔡元培被推为总理，吴稚晖为舍监，章炳麟、黄炎培、蒋维乔、吴丹初等为义务教师。
爱国学社把灌输民主主义思想为己任。其章程说：“本社略师日本吉田氏松下讲社、西乡氏鹿儿私学之意，重精神教育，而所授各科学，皆为锻炼精神、激发志气之助。”吉田松荫、西乡隆盛是明治维新时的日本政治思想界代表人物；松下讲社、鹿儿私学是他们在维新前后的讲学之所。蔡元培在学社开学祝词中说：“用吾理想普及全国，如神经系之遍布脑筋于全体是也。”学社最富特色之处是学生自治制度。学生在校内享有很大的权利和自由。住宿生实行自治制，没有评议会，监督学校行政和学生操行。高年级学生还充当寻常班的教师。学生们经常同教师一起外出参加政治活动。爱国学社在教育上的创举和活跃的政治空气，吸引了许多青年前来就学。
事后，舆论普遍支持学生。《选报》说这一行动“举数十年陋儒浅士卮言曲说，一举而廓清之，以伸独立之权。吾国学界中当有渐被其影响，以固此学生社会，不使露西亚之学生专美于世界”。《新民丛报》说“实中国国民前途关系第一重要事件也”。《苏报》则指责学堂主办者“摄照老大帝国小影，宫场总办局、所之恶习，自尊如帝大，视人如犬马，妄立章程，驰逞臆说。以压制缚束为威力，以用人派事为市恩；以排斥新书匿己短，以艰深旧学炫己长；以苛责细故为讲求实际，以管束学生为门面排常呜呼，腐败至此，荒谬至此，茶毒暴虐至此，焉得不为世界之公敌也”！