1948年4月19日，在国民政府“行宪国大”第十三次大会上，蒋介石当选为中华民国行宪后第一任总统。此前，在国民党六届中央临时全会讨论总统候选人时，蒋介石因宪法规定总统仅是礼仪上的国家元首，表示不参与总统竞眩为此，国民党中央常委会决定赋予总统以紧急处置的权力。15日，部分国大代表向大会提出《请制定动员戡乱时期临时条款案》，规定“总统在动员戡乱时期，为避免国家或人民遭遇紧急危难，或应付财政经济上重大变故，得经行政院会议决议，为紧急处分，不受宪法第三十九条或第四十三条所规定程序之限制”，获通过。蒋答应参加竞选，并将原定的另一总统候选人胡适改为居正。蒋介石以2430票当选(出席代表2734人)，居正得269票。
4月29日，李宗仁以1438票对1295票击败孙科，当选国民政府副总统。
总统一经产生，副总统的选举就成为各派系争夺的焦点。大会共推出6名候选人。国民党方面有李宗仁、孙科、程潜、于右任4人，社会贤达有莫德惠，民社党有徐傅霖。蒋介石原定孙科为副总统，孙科又得到广东派和CC派的支持；李宗仁有桂系实力，美国也有意扶持他。故而6人之中李和孙是副总统有力的竞争音。竟选人在角逐收买代表，贿买选票。一手交选票，一手交钞票，孙、李、程还大宴代表。蒋介石和CC系为了支持孙科不惜以重金和各种手段大拉选票。李宗仁也不示弱，花掉的竞选费用即达1000多根金条(合黄金1万多两)，并与另外两名候选人程潜、于右任建立同盟，相约无论谁在初选中得票较少，都要以所拥有的票支持得票较多的人。23日，第一次投票，无一人过法定半数，遂决定前3名李宗仁、孙科，程潜再参加选举。第二次选举亦如是。但两次李宗仁得票居首，形势对孙科不利。蒋介石示意程潜放弃竞选，将所得选票让给孙科，许诺偿其竞选费用，遭程拒绝。李宗仁听从桂系亲信黄绍闳的建议，以退为进，联合程潜一起宣布退出竞选，声明选举受到了不正当的压力。由于孙科一人无法竞选，也被迫宣布退出竞眩在这种情形下。国大不得不被迫停开。蒋介石只得疏通李、程参加竞眩28日，国大进行第三次投票，选举结果李宗仁当选为副总统。
此前，国民大会于18日通过了胡适、王世杰、张伯苓等700多位代表提出的《动员戡乱时期临时条款》。《条款》规定：“总统在动员戡乱时期，为应付紧急危难或重大变故，可以不经立法院通过，只须经行政院会议议决，即可紧急处置。”总统与副总统可无限制地连选连任，而不受宪法关于连任一次的约束。《条款》还授权总统设置动员戡乱机构，决定动员戡乱有关大政方针，并处理战地政务“而不受立法程序的制约”。戡乱时期何时终止，则由总统宣告之。