1900年7月12日（清光绪二十六年六月十六日），住在莫高窟的当家道士王圆篆无意间在16号的洞窟中发现了从西晋到北宋的5万多件经卷、文书、绘画，大约是北来中期为避乱而封藏于洞中的，这个洞就被称为藏经洞。
藏经洞文物的发现，并未引起清朝的重视，而帝国主义的文化强盗却闻风而至，他们利用王道士的愚昧和贪财，大肆掠夺。英国的斯坦因以考古为名，花了500两银子，用7天时间在洞内挑选了近万件写本、印本卷子，装满24大箱，其中有长1丈多的唐绣观音和我国现存最早的雕版印刷品《金刚经》，另外还挑选了5箱精美绘画艺术品，运回英国后收藏于伦敦大不列颠博物馆。法国人伯希和得知，也以50两银子一捆的代价，盗走5000多件珍品。美国人华尔纳用特殊的化学溶剂，剥走了7个洞中的26方壁画。
1909年清朝才下令将藏经洞所余文物全部运往北京，仅剩8697件，存放于京师图书馆。