热播电视剧《女医明妃传》中，除了提到的各种真假混杂的中医药学知识，更是谈及不少明代医药机构设置的信息。要知道，明朝是我国历史上最后一个由汉族建立的大一统中原王朝，不但手工业和商品经济繁荣，也是我国古代医学发展的顶峰时代之一。
太医院 明代“卫计委”
尽管太医院在明朝以前就出现了，但明朝的太医院与以前朝代不同。
明朝是个高度中央集权制的国家，在宫廷医事上也以太医院为中心，设置了非常细致的各类机构，而且互相制约。太医院尽管是全国最高的医药管理机构，但实际上是在皇宫内为皇帝和皇室贵族服务，也就是纯粹的御医院，宫廷之外的医疗事务更多地由地方机构来管理。虽然太医院名义上承担对地方的管理职责，可是太医院下的其他医疗机构都相对独立，不完全由太医院统一领导。
明朝的太医院分为南京和北京两处，除了扮演宫廷专属医院的角色，还有点类似现代卫生计生委机构。
太医院主要承担两大职能：
一是宫廷医疗保健。重点为皇帝及内宫嫔妃服务，遇皇帝出巡，太医院医官作为随行，沿途为皇帝、随行官员和侍卫作保健服务。各亲王府、藩王府及接待外宾的会同馆均设有医官，他们遇有疑难病症，常向太医院请求医药方面的帮助。发现疫情，太医院有向军队、监狱、边关隘口等处派遣医官治疗的任务。
二是医官的任免与派遣。全国各府、州、县的惠民药局，边关卫所等处所设医官、医士、医生，俱由太医院派遣，年终考查其功过，以为升迁任免之据。
太医院13科 接近现代医院科室设置
明朝太医院分为13科，即大方脉、妇人、伤寒、小方脉、针灸、口齿、咽喉、眼、疮疡、接骨、盎镞、祝由、按摩，同元代13科相比，风科改为伤寒，金疮分为金镞和疮疡两科，杂科改为按摩，取消了禁科，较前代更适合临床需要。
明朝太医院的分科与现代医院科室相比，可以说已经很接近。大方脉相当于现代的内科；妇人相当于妇科；伤寒相当于传染科；小方脉相当于儿科；针灸和按摩与现代名称相同；口齿、咽喉、眼分别相当于现代的口腔、喉、眼科，疮疡、接骨、盎镞则相当于部分现代大外科，分别是普通外科、骨科、战伤；祝由包括中草药在内的，借符咒禁禳来治疗疾病的一种方法，具有浓重的迷信色彩。
太医院每科由一到数名御医或吏目掌管，下属医士和医生，各科御医或吏目人数为：大方脉5人，伤寒4人，小方脉2人，妇人2人，口齿、咽喉、疮疡、正骨、痘疹、眼科、针灸各1人，下属医士医生70余名。
御药局和御药房 皇帝专属“药剂科”
明朝的医疗机构十分齐全，以太医院为总协调，还设有专司用药的药局，有专门为宫廷服务的御药局等，还有慈善机构惠民药局。
吴元年（1364年），朱元璋设尚药局。洪武六年（1373年），改尚药局为御药局。御药局主要任务是监制御用药饵，兼管收储各地进贡的名贵药材。
同年，又设御药房。御药房的一个重要职责是根据药方监督御药煎制。在御药制作时，要有太医院院官和内臣一同监视，做好后每剂药都分成两服，其中一服先要由御医、院判、内臣三人尝过之后，没有问题，才将另一服进献给生病的皇上，这一系列的诊治、制药过程，都要在专门的医簿上做详细的记录，这些记录由所有参与诊治及制药、尝药过程的医官、御医、内臣签名后，加盖“中书省印合缝”，以备查考。如果皇上服用后，治疗效果不佳，这些医簿上记录的相关人等就会招致麻烦，甚至惹上杀身之祸。
很显然，御药局和御药房是皇帝的专属“药剂科”。
东宫典药局 皇太子私人医院
东宫典药局设局郎1人，局丞1人，内使10人。典药局郎、局远及内使负责皇太子的医疗保健。
安乐堂和月子房 宫廷女子医院
皇后及嫔妃有病，多由太医院医官诊视。后宫设安乐堂，专供后嫔养病；设有月子房，供宫内孕产用。后宫设医官3人，医士36人，还配有稳婆（接生婆）、乳婆、医整数十人。
王府良医所 王爷们的“保健医”
良医所设良医正、良医备1人，寿官数人，俱从文官，由太医院推荐，吏部任命。良医所是主管王府医疗保健的专门机构。名医李时珍也曾出任王府良医。
惠民药局 各级地方医院
明朝的惠民药局分为中央与地方惠民药局，是太医院的下属机构。惠民药局主要职责是为平民诊病卖药，掌管贮备药物、调制成药等，军民工匠贫病者均可在惠民药局求医问药。遇疫病流行，惠民药局有时也免费提供药物。
史载，“洪武三年（1370年）置惠民药局，府设提领，州县设医官。凡军民之贫病者给予医药”，可见惠民药局是专为贫病者所设的官办医疗机构。由洪武初制定的惠民药局规则，后来在地方上没能完全执行，因此在永乐四年（1406年）明成祖“命礼部申明惠民药局者今有实惠，勿徒有文具而已”的措辞，强调了惠民药局“必有实惠”。
但总体来看，明朝的惠民药局地位低下，中央惠民药局有名无实，地方惠民药局未能进入主流社会。许多药局有名无实或有医无药，或局舍破败。